在沈担任江西巡抚期间，江西对外事务中最重要的事件发生了：从1862年3月开始，由一系列示威和骚乱构成的南昌反对教会的事件，但它不是孤立的事件。历史上，江西和湖南、湖北、浙江并列为最理想的传教地区。尽管1784年之后一段时期衰落了，但在1830年左右，中国奉教者有所增加。到了1846年，江西已有足够的教徒，可以和浙江分开而另立教区。1856年，江西教徒人数达到9000人。在奉教者集中的九江、南昌地区，冲突和迫害发生了。1855年，南昌郊外一所教堂被捣毁，一座龙王庙在原地建起。1860年，江西是执行上年12月间公布的迫害文告的几个省份之一，这个省有着反天主教的传统。1860年之后，传教士可以享有更多的权利，天主教和中国人之间的紧张关系加剧了。传教士可以收回以前被没收的财产，可以租地、买地，任他们建筑房屋。天主教复兴的前景使传教士大受鼓舞，而中国人则大为反感。这时，中国官员一方面有保护传教士的义务，另一方面有维护中国人利益，特别是保卫传统价值和社会结构的责任，因而处于两难境地。这是1862年年初沈所面临的情势。事情从1861年年末开始。法国拉撒路会的罗安当到达九江，他被指派为江西主教。他还带着他的中国助手方安之和另外6人。罗和方在中国传教都达17年以上。他们的目的是到南昌谈判，想收回被没收的天主教财产，扩建在城市以南3千米的庙巷教堂，还要建立一所新的育婴堂。方先到省城为罗作准备。他到达时，由南昌县候补知事夏燮和士绅首领、曾在福建任代理知县的张国经接见。不久，方即买下筷子巷的一所房屋作为育婴堂，收容了5～12岁的女孩共13人，另有养妇5人跟随人2名，他们都是江西本地人。
1862年1月17日，罗安当到达南昌，巡抚毓科弄不清接待传教士的礼仪，和夏燮商量。他们不想造成事端，便慷慨地接待了这个传教士，简直把他当做外国领事。罗随即离开，2月初又回来。大概对他初次所受接待的身份不满意，他在名片上增加一条虚拟的头衔“全权大使代表”。夏燮正要劝毓科谢绝接见，而毓已经安排好了全副的欢迎仪式，这通常是用来接待巡抚或总督的。南昌百姓和士绅已经为这一过分的尊敬感到吃惊，当罗要求按照新立的规矩容许基督教广泛传播时，公众都愤怒起来。更糟的是，公众误认他是二十多年前非法躲藏在庙巷教堂而被驱逐的传教士。于是公众变得更加愤慨。
不久，在3月上旬，两份激烈反对基督教的宣言在南昌出现。宣言由邻省湖南的士绅所写。他们猛烈抨击传教士和教徒们破坏传统，违反孝道，男女不分，还有吸取男童**和妇人月经之类的恶行。传教士和教徒们还被指控是太平军的探子，因为两者同样是基督教徒。这些宣言由两个著名的地方士绅日夜赶印数万份并得到广泛流传。这些指控使公众对罗安当活动的怀疑更加肯定，特别是他的追随者守卫着育婴堂以及其中的同居者，公众认为其中必有秘密。此外，公众还真的害怕教徒们会串通“基督教徒”太平军攻打南昌。
这时，教会及其信徒的财产已经遭受损害，所以必须采取一定的措施。九江的英国领事可能受到罗安当的怂恿，警告沈说，法国人将开来炮舰要求赔偿。于是沈命令地方官员调查此事
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