当清军在南京溃败的消息传来之后，江西也笼罩在一片阴沉的气氛当中。新巡抚毓科、署理布政使李桓也劝告沈回来，特别是毓科，想要沈负责浙赣走廊，即使这意味着将别人调开。鉴于沈葆桢过去和这个地区的关系，这是个稳妥的想法。曾国藩显然考虑，如果沈回到广信，就算是短暂的，也可以帮助李元度，因为曾认为李难于驾驭他的下属。然而，沈决心仍留在家乡服侍双亲。到了6月21日，曾国藩和胡林翼分别请求清廷下诏令要沈回来。胡提议让沈担任省的布政使（从二品）或按察使（正三品），尽管他只当过两年的道台（正四品）。胡向曾表示，鉴于沈过去在江西工作，由他担任江西布政司最合适。也许清廷觉得胡的建议会给沈的官阶跃升过大，因而赞成曾的意见，命令沈回到广信。沈再一次婉辞，不过，他表示如果他能够每年一次回乡看望双亲，他愿意投效朝廷，做曾的私人助手（幕友）。其他高级官员也希望沈重新为朝廷效劳。比如，第二次鸦片战争之后权势急骤增长的大学士文祥即推荐沈担任“实职”。工部侍郎宋晋像是在附和胡林翼的建议，也推荐沈担任江西省的布政使。1861年年末，在初次试图请沈出来工作之后的第18个月，朝廷指示沈到曾营“听候录用”。同时指示曾国藩考察江苏、浙江现任巡抚的能力。虽然朝廷的意图未必会让沈担任这两省的巡抚，但是，朝廷越来越渴望找到能干的人，给予沈这样的官职并非完全不在考虑之列。曾认为李鸿章是更有天赋的军事首领，更喜欢让李来担任江苏的职务。1862年1月17日，沈往曾营途经安徽南部，朝廷任命他为江西巡抚（从二品）。这时他41岁。
这样，沈葆桢担任知府和道台总共不到4年时间，又经过两年半休假，便跃上了巡抚的高位。如果他升任巡抚之前先担任江西省的按察使或布政使，则和当时的惯例更相符。他的飞速提升是不是曾国藩支持的结果？1856年他在曾之下干过短暂的时间，这无疑对其升迁有所帮助，至少曾及其同僚们对沈有过直接的了解。1860年五六月间紧急会议的关键人物几乎都是曾的幕友。然而，文祥、宋晋、胡林翼这些人和沈毫无联系或极少联系，但都推荐他担任高级职务。这三人中，只有胡林翼和沈有些间接关系——胡在贵州任知府时，林则徐在当总督。实际上，沈迅速晋升，庇护人的作用较小，更重要的是他本人的才能和声誉，加上形势的迫切需要。他的才能已经得到证实，声誉主要来自传奇式地保卫广信。不论何种原因，凡是在他的提升中助了一臂之力的人都对他有很高的期待，曾国藩无法如此，因为曾和江西的官员曾经有过种种摩擦。
按曾的方案，江西是对太平军作战的前线。作为军需供应的主要来源地，它的安全和高效率的内部行政分不开。为了满足他的需要，新任巡抚必须赢得省里官员和士绅的效忠，要使他们相信，他们的利益与完成对曾的义务（简而言之，也就是对皇帝的义务）相一致。沈一到任，马上就认识到他的主要任务，他发誓尽最大努力为皇帝服务，并且遵守忠孝的原则。
但是，在儒家思想中，忠孝原则在观念上是一致的。事实上包含着大跨度的互相矛盾的忠。忠于公共福利和仁政之类崇高原则，忠于皇帝、其他掌权者以至士绅阶级这类政治
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