，同时于3月底或4月初给总理衙门送了报告，给皇帝的奏折也于4月11日送上。其后事实表明，这么早给北京通消息是明智之举，因为法国外交官最初提出的抗议依据来自中国人的信息，故语调温和。
沈的及时报告使中国人赢得了暂时的宽松，但是无法解决根本矛盾：如何安抚中国人民和法国人。于是军机处给了沈相当矛盾的指令：在寻求解决之道时，既不可进一步疏远法国人，也不可失去中国人的信任。总理衙门也劝沈尽快将所有损坏之处修复，态度要更温和，而且提醒他，在上海、宁波，朝廷和太平军对抗时，法国人（也有英国人）给予了可贵的军事援助。同时，总理衙门还送交法国人一份中国内情的可怖景象，为沈争取时间，并且说明了为什么不可能更快地解决问题的原因。
沈的行为只会导致进一步的反教会活动。真的，不久夏廷榘给沈送来了作为教会罪行的证据：一些人骨、血膏和一支铜管，说是从育婴堂拿到的。据说，血膏由儿童骨髓制成，而铜管是用来挖眼睛的。人骨是成人的，沈不理会这些，只坚持将另外几件送到总理衙门，让法国外交官澄清其用途，“以释绅民疑团”。为了想使条约变得对中国有利，他还说，不论这些东西属于什么性质，条约并没有允许教会收留孤儿。他还自己请求处分，因为没有做到预防事件的发生，及时将罪犯关进监牢，并且没有处理好整个事件。
照沈的想法，反教会事件是中国所面临的问题的征兆。第二次鸦片战争严重伤害了人民，更糟的是，条约使基督教徒受益。当教徒们变得更加趾高气扬时，公众对他们的敌意也在增长。在这样的情势下，任何官员企图安抚基督徒，比如修复他们被毁坏的房屋，只会引起其他中国人的更大仇恨。因此，沈推论说，如果他受到严厉责罚，外国人就会断了提出更多要求的念头；而中国人看到高级官员作了榜样，也会停止暴力行动。
沈的解决办法不可能被接受，甚至那些赞成他不和解态度的人也不会接受，因为那样只会使总理衙门处于尴尬地位，损害中国政府和官员们的威望。总理衙门看到沈不准备和法国人打交道，便试图采取半官方的办法：由沈派一名属下秘密会见罗安当，给他一笔钱，劝他“在更安静的地方”另建教堂。他们还强调这件事要做得保密，不要引起群众的愤怒。为了使沈改变想法，和总理衙门取得一致，总理衙门再次强调法国军事援助的重要性。7月中，沈接到这些指示，但是直到9月也没有派夏燮去见罗安当（他这时在九江）。不论怎样，这个传教士拒绝会见夏。不久罗动身前往北京，可能是去向法国外交使节哥士耆伯爵施加压力。
这时，哥士耆变得不耐烦了。他威胁说，如果地方官员仍然执拗，他将调动炮舰。可是总理衙门不在乎他的威胁，反而提出“干血”和铜管问题要求他作出解释。虽然作了解释——“干血”其实是酒，铜管是滤咖啡用的——哥士耆其实被衙门的策略所激怒，他第一次指名沈和曾国藩是反天主教活动的煽动者。由于心中有这样的想法，同时又被罗安当（这时在北京）所怂恿，10月间，哥士耆开出一份列出了种种严厉要求的清单，并威胁说，如果不能满足要求，就派炮舰到南昌。
然而这个事件不可能很快解决，因为当
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