沈正在和士绅首领们讨论法国人的要求时，谣言传出：由法国人主笔而富有煽动性的布告要在五天之内张贴。这一谣言又激起了新的示威。情势高度紧张。李桓每次一跨出衙门就有成百人找他说话，吵闹着要他作出解释。同时，反基督教的文告到处出现。作者按照湖南人文章的思路，详述罗安当和方安之的罪行。他们主张拒绝任何赔偿的要求，因为中国需要稀缺的资财用于镇压叛乱。他们进一步威胁，如果罗安当胆敢回来，就要他的命，还号召人们处死那些追随他的恶行的人。官员们解释说，直到罗安当回来，法国人的布告不会张贴。公众的怒气才略消。然而，他们仍然强烈反对将财产转移给教会。因此，李桓建议，劝说罗安当将教堂建立在离城50千米以外的地方，避免引起公众不友好的注意。
为了摸清公众的意见，刺探反教会首领，沈有着可信赖的朋友。他们乔装行商，和人们谈话。他们发现，公众普遍仇视基督徒，易于相信反基督教文告的宣传。人们对于教徒们靠教会的帮助和庇护就能占有商店和土地感到愤愤不平。尽管没有事实根据，人们还是害怕基督徒充当卖国贼或太平军探子，这也为反基督教情绪火上加油。最后，沈发现人们对政府的关心冷嘲热讽。这些人说，官绅们不会抵制教会的要求，因为他们过于重视自己的前程，不会拿它来冒险。
这样，到1863年1月末，在法国人提出要求的两个月之后，皇帝和总理衙门反复指示沈尽早解决，但这一切并不能使沈改变态度。总理衙门只好绕过他，直接与哥士耆达成协议，派人护送罗安当从北京回到南昌，指令沿途官员予以接待。诏书还指示沈亲自接见这个传教士。
3月间，罗安当回来的消息一经传开，南昌人民再次激动起来。为了避免再发生事端，沈极力劝说罗安当留在九江谈判，并答应在那里即交付赔偿。但是罗安当拒绝了，还到安庆寻求曾国藩的支持。曾给予了友好的接待。4月3日，当罗安当前往安庆途中，南昌又出现布告，号召人民“商集所订处所，照前议行事”。官员无法使民众平静下来，不祥的气氛等待着罗安当。
罗安当并不畏缩，他于5月27日来到南昌。沈尽管先前提出异议，但还是为他安排好了住处并予接待。次日，沈派官员将城内居民妥为弹压，可是官员的命令无人理会，沈没有进一步采取行动。一名衙门胥役被派去为迎接罗安当进城作“准备”，当他靠近这个传教士的船时，喧嚷的人群向他扔了石头。罗安当意识到危险，迅速折回九江。骚动的人群极为愤怒，不肯散开，将怒火转向当地教徒，指责他们引诱传教士回来。天黑之前，6家教徒的店铺被拆平。
15个月的斗争以罗安当蒙受损失而告终。他现在愿意在九江谈判，而且同意了中国人的大部分要求。他答应放弃南昌的育婴堂和教堂，而在偏僻的地方建设新的；法国人起草的带煽动性的信仰自由的文告，被中国人起草的较为温和的文告所替代；赔款从7万两降为1.7万两。这些条款事后由双方政府签署。