年初，当第一次对下属进行年度评价时，他辞退了6名不称职的官员。一位监察官注意到，沈是善于运用此类措施以保证政府廉洁的少数几个人之一。
政府腐化是个长期痼疾，特别是18世纪末期以来更是如此。官吏贪婪，士绅暴虐，两者还可能勾结在一起。就江西而言，这些问题虽然还不是特别严重。但是，平时就已存在的官吏行为不端，因处于战争状态而加剧。大量钱财物资因战争需要被征集到政府，许多人经不起诱惑，将财物塞进了自己腰包。举个例子，一个知县侵吞了士绅捐献的3000两白银中的2000两。当被发觉时，他谎称这笔钱已送到左宗棠军中。沈葆桢坚决处理了这个案件。他说：“以肃功令，而儆贪婪。”这个知县被撤职，而且永不叙用。沈对贪婪的下属也严加惩办。
据说，在巡抚任内，沈查出很多行为不端的官员，他们都一一受到了严厉地处罚。曾国藩有一次说到：“沈）心地谦，而手段辣；将来事业当不减于其舅（林则徐）。”江西布政使李桓对沈担任巡抚时的工作作了高度评价，而对他任职初期对待失职官员急而严则有所批评。依李所见，沈往往轻信公众的怨言，未经详细调查就对官员进行处罚。由于李的忠告，后来沈对此类事情变得较为慎重。
颇有讽刺意味的是，沈严肃纪律的做法，既是曾国藩最初对他赞赏的理由，却也成为以后两人激烈争吵的原因。在他们交往的头几年，曾极其钦佩沈对人事问题的判断，几度邀请他来批评自己的属员。然而任职两年后，沈因曾任用被自己辞退的人而表示不满。正如御史华祝三解释的，沈掌管一省，必须坚持高标准对待属员，而曾正在指挥一场大战，不得不使用每个有才能的人，虽然其中有些人不够正派。但曾对此并非未有察觉。1859年，在他和沈发生争吵的前4年，他曾经申辩说，在处理民政和军务中，不得不应用不同的标准。但这时，他在江西的影响如此依赖他所安插在那里的人，所以他采取较为纵容的态度与沈严格遵守纪律的要求发生了冲突。
总体上，沈葆桢并不喜欢吵架。他能尊重他人，与人合作共事，毫不犹豫地表扬有成绩的人。我们还会看到，如果没有李桓的干练和大力协助，沈的许多财政措施就无法施行。沈辞退了原先由曾推荐的人，这不能视为权力斗争，因为沈十分注意在与上级官员的争论中不将下级官员作为替罪羊。一个负责的人不应取悦每个人，那样会失去公平和正义。我们所得到的资料表明，沈在赏罚上从不曲徇人情。
虽然沈在严明纪律时从不迟疑，但他也没有放弃儒家关于劝说作用的信念。他通过树立个人榜样，努力促进政府工作的改善。据说，他在任期满时带走的个人物品和来时一样。他竭尽全力避免裙带关系。他的好友，也是他儿子的岳父李元度曾推荐一个亲戚给他，他以一笔钱相赠，送走了这位先生。
这时官员士绅们敦促沈招募更多的雇佣兵（勇）。他们的要求为御史华祝三所响应。他建议组建一支数千人的部队，经费靠江西对曾国藩的资助来解决。沈驳回了这一想法。他企图用别的方法来充实绿营。他强调，绿营是朝廷的正规军，不管有用无用，都必须支持。他的新方案是淘汰老弱，留下的人略增报酬，在省城由两名总兵加以分组，轮番训
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