谭嗣同夜访袁世凯，拿出衣带诏并尚方宝剑，鼓动袁先诛荣禄，再兵围颐和园，起兵助帝。袁接过尚方宝剑，阳为答应，暗地里却赶到天津向荣禄告密。荣禄带剑连夜回京，哭求慈禧后救命。西太后闻听大怒，于次日凌晨，带着皇后直入光绪帝寝宫，帝和珍妃惊闻太后骤降，忙即跪接，太后怒目视帝，戟指叱曰：“你入宫时，年只五岁，立你为帝，抚养成人，今已将二十年矣，不是我一力保护，尔哪得有今日？你要变法维新，我也不来阻你，你为什么听人唆弄，忘我大德，还要设计害我？”光绪帝战栗不能出声。太后又叹曰：“我想你的薄命，有何福气做皇帝？康梁等人，佯称变法，实是奸臣，你却亲小人，远贤臣，现在亲贵重臣，一片呼声，统请我训政，我恨不得现在就……”珍妃跪着向前移了两膝，哀求曰：“老佛爷息怒，请老佛爷宽恕帝罪。”太后怒曰：“象你这种狐媚子，也配与我讲话吗？”珍妃不觉大胆顶撞曰：“皇帝系一国共主，圣母亦不能任意废黜。”太后抬手就是一巴掌，打得珍妃粉脸泛红。但听太后厉声曰：“快与我将这狐媚子，牵了出去，圈禁宫内。”内监听命，拽起珍妃而去，幽闭冷宫。随之将光绪帝囚禁于中南海瀛台；然后发布诏书，再次临朝“训政”，宣布停止所有变法，同时下令捉拿康梁等维新派，康梁获信先遁，而谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第、康广仁六人，被砍杀在菜市口。谭嗣同临刑前高呼：“有心杀贼，无力回天。死得其所，快哉快哉！”并作绝命诗曰：“望门投止思张俭，忍死须臾待杜根。我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑！”
“百日维新”失败。慈禧太后随立端郡王载漪之子溥儁为“大阿哥”，以备取代载湉，同时，升荣禄为直隶总督兼北洋大臣，京畿兵力统归节制。袁世凯告密有功，遂获太后亲信，地位扶摇直上，直升山东巡抚，所练陆军也随之调往鲁境布防，使其避过后来之八国联军兵锋，得以保存并迅速扩大。
光绪二十六年。英、法、德、美、日、俄、意、奥等列强争相瓜分中国，是和是战，清廷必须作出抉择。慈禧太后连续召开御前会议，讨论和战问题。载漪、载濂、刚毅等顽臣则以义和团之“其术甚神，义民可恃”为由，力主对外宣战，以雪仇耻。光绪帝与闻，很不赞成，认为所言“神术”难恃，指出“诸国之强，十倍于日本，合而谋我，何以御之？奈何以民命为儿戏？”载漪等很不以为然，暗地还编造出一份外交团照会，请太后归政，废除大阿哥等。慈禧太后大为恼怒，声称：“外人无理至此，予誓必报之。”随之颁布上谕，向诸强宣战。京津一带清军溃败，八国联军攻陷皇城，烧杀焚掠，太后挟光绪帝落荒西狩，临走前，命珍妃自尽，珍妃投井而亡。后经老臣李鸿章和庆王弈劻赴京与洋人议和，得以签订《辛丑条约》，割地赔款，主权丧失。
两宫西幸，已将一年，太后闻京中已经安靖，遂决意回京，途中闻报全权大臣李鸿章病殁，下旨优恤，建祠纪念，赐谥文忠，备极荣典。回到宫中，但见昔日繁华宫殿，遭战火焚毁，满目苍痍，累年积蓄及所藏宝物洗劫一空，正暗自伤感，忽有宫监踉跄奔入，报称荣中堂已出缺了，太后惊愕，哽咽曰：“咳，我这一生，多仗他舍命保护，他死
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