曾作出让步，先酌留炮队600名，委派副将罗荣光管带，留用外国军官11名帮同教练；留存枪队300名，由副将李恒嵩管带，留用外国军官1名任教练。此外，巴夏礼还提出增拨营伍的要求，由外国人充当教练以补常胜军之缺。对此，李鸿章采取了拖延应付的办法，即在同意外人教练的同时尽力避免英国人来干预。然而，是年10月，受李鸿章委托担任常胜军教练的戈登即将返国，巴夏礼于是向李鸿章提出派英籍军官哲贝任凤凰山营伍总教习，增募3000人保卫上海等处的强硬要求。丁日昌想方设法断绝了英国在中国土地上继续控制武装的企图。
丁日昌在任苏松太道一年多时间里，其精力主要投入到了对内政事务的整理之上，总体说来表现在如下几个方面。
其一，认真审理讼案。尽管丁日昌担任巡道一职并非直接亲民之官，但他充分利用自己对刑名钱谷的按核之权，首先在清理所积讼案上花了很大气力，以求通过对讼案的秉公处断而使民心吏治有所改观。
其二，为恢复上海地方封建统治秩序作了最大的努力。尽管上海不是太平军长期经营的根据地，但在清咸丰同治年间，是各地难民汇聚的处所。同时因它是对外开放的前沿阵地，华洋混处，情形十分复杂。不仅流氓地痞势力很活跃，而且因太平天国失败后湘军被裁，许多散兵游勇和游手好闲的人也来到此地，造成上海的社会秩序的极不稳定。丁日昌自接任苏松太道一职后，对这个问题给予了高度重视，采取了非常严厉的措施，先后捕杀和重惩“不法之徒”达100多人，遣送回籍者8000余人。
其三，为转移人心风俗竭尽全力。由于上海为近代中国最早对外开放的口岸之一，在西方人的生活方式、价值观念等影响之下，传统的人心风俗逐渐发生着变化。为了维护传统的人心风俗，丁日昌禁止官民奢华，提倡“省日用以恤贫苦，亲邻人而怀其惠，循本分而召和平”的社会风气。中国的士大夫都有匡正世风的使命感，他的做法也许过于行政化，但其出发点是好的。
1865年11月，丁日昌调任两淮盐运使。
两淮地区历来为中国最重要的产盐、销盐区域。晚清时期，由于战事频繁，清政府的财政已到了崩溃的边缘，对盐税的依赖日益加重。统率数十万大军镇压太平军、捻军的曾国藩和李鸿章等人，更是依赖两淮盐税对军队的支撑。所以，于“剿捻”军事正进行到关键时刻担任两淮盐运使的丁日昌，不仅要按期上缴国家税款，而且要尽力资助湘、淮军的军饷，可见其责任十分重大。
丁日昌在曾国藩和李鸿章的多方支持、鼓励下，对有关两淮盐务的具体内容，尤其是对于经营盐务的用人规章进行了卓有成效的整顿。他在《两淮甄别章程》中提出了五条办法：一是甄别以一年为期限，分四次考试，每三个月进行一次。重点考试在两淮盐运司署中听差的人员，兼及考试在外卡和海州、通州、泰州等地的人员。二是将考试成绩列为超等、特等、一等及不合格者几个等级。对于超等之人，“察其品行才具，果堪造就，先予酌委；”对于不合格者，三个月后第二次开考再试，如仍不合格，且在第四次考试中不合格者，则不予差委“三是每次试题”不拘于成格“可以灵活多样，”准其各抒所长而有利于发现和培养人才。四是对凡被录取的人员，均按等级增加薪水以示优待。五是对那些在规定应试期三个月之内不到的人员，即行撤除差委。什么事都要由人去干，丁日昌在对两淮盐务的整顿过程中由于首先抓住了用人这一关键性问题，所以盐务大有起色，淮盐销路大增，盐税随之倍加。
1866年2月，清廷根据曾国藩、李鸿章的推举和丁日昌本人的表现，谕令其升任江苏藩司，专管一省的财赋、地方官考绩等事。
丁日昌在江苏藩司任上为了吏治的澄清和财政税收的复苏作出过很多艰苦的努力，先后颁发了有关讼案清结、禁止书吏丁役中饱私囊、考核官吏、减免捐税以及转移人心风俗方面的许多文告、章程等，取得较为显著的成绩，受到曾国藩的肯定和称赞。
1868年年初，丁日昌升任江苏巡抚。