刘蓉在四川前后两年的所作所为，初步显示了独当一面的治事才能，其治国平天下的诸多理论识见，在实践中得到了比较充分的发挥，同时也反映了他固有的个性特征——戒浮务实的处世作风。郭嵩焘在《陕西巡抚刘公墓志铭》一文中指出：“公性沉毅，而阔达开朗，倾诚与人，一无隐饰。至其临大敌，决大计，从容淡定，内断之心，人莫测公所为，相顾惊疑。事定，乃大服。”“倾诚与人，一无隐饰”的个性，很可能是刘蓉后来遭到小人陷害的主要原因；善于筹谋，遇事从容应付、坚决果断的风格，则是他的政声、官声为时人所推崇的依据所在。特别是他在镇压石达开部太平军的过程中显示出的军谋与才识，更是受到了人们的交口称誉。他的“赛诸葛”的名声因此传遍巴蜀大地，川中士民一直“乐道不置”。1863年7月，湖广总督官文鉴于刘蓉在四川的表现，又因胡林翼的多次举荐，专折上奏清廷，说刘蓉“晓畅戎机，勇于任事”，平定滇、川，功绩卓著，应令其“独当一面，俾资展布”。如蒙恩准，则请令其“督办陕南军务”，与荆州将军多隆阿“各张一帜”，以收朝廷“绥靖边疆”之功。8月，清廷颁旨命刘蓉督办陕南军务，不久授以陕西巡抚重任。曾国藩得知这个消息之后，心中感到非常高兴，但因相距遥远，讯息不灵，传闻陕甘敌势正盛，官军出师不利，即致书刘蓉，希望他认真对待，好自为之。刘蓉奉命巡抚陕西之初，所处形势异常复杂。陕甘一带回民起义军和捻军在太平天国农民革命运动的影响之下，势力非常活跃，转战各地，对西北边陲封建统治秩序造成了危机。加之陕西连年天灾，老百姓饱受兵祸和饥饿的苦难，阶级矛盾十分尖锐、激烈。刘蓉接篆任事之后，在全力部署军事、对回民起义军和捻军进行讨伐的同时，大力整饬吏治，革除弊政，“以凤邢道黄辅展精于史事，使经理回民叛产，设法开治”，触犯了一些不法官吏的利益，从而促使他们对刘蓉恶意中伤，企图把他赶出陕西。
1865年夏，编修蔡寿祺上奏朝廷，指控刘蓉以钱财攀附权贵而获得提拔晋升，清廷即派罗悼衍、瑞常两尚书前往查办。刘蓉淡泊名利，无意做官，自然对蔡寿祺的不实之词表示愤恨不已。他在专折中辩白说：“蔡寿褀纯属挟私报复，恶意中伤。因为蔡曾在四川自刻关防，擅自征调乡勇，聚众横行。我刘蓉曾明确宣布对其加以驱逐，所以他怀恨在心，才罗织造词来陷害我。”他还说：凡是攀附权贵，拉关系往上爬的人，一定是操守不佳，品质败坏，名利之心异常浓厚。我刘蓉自幼不太用心科举，一向淡泊功名富贵，志安贫贱。应好友曾国藩之邀出而“襄其军事”，又与罗泽南等领兵转战赣、鄂各地，弟刘蕃殒命疆场，且老父多病，于是解甲归田，以耕读为业。咸丰十年年底由胡林翼举荐，奉旨以知府归部铨选，赏三品顶戴，署四川布政使，随后擢补陕西巡抚。而蔡寿祺不顾事实，制造攀附权贵以求升官的谎言，肆意对我加以诋毁，实在可恶可恨。我刘蓉“起自草茅，未趋朝阙，于皇上左右亲贵之臣，未尝有一面之识；政府枢密之地，未尝有一信之达”，这是朝廷大臣乃至皇上、皇太后所一清二楚的，“夤缘之谤，将何自来？”敬乞皇上严加查察，推究根由。如果我刘蓉确有攀附权
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