贵、以求升官的情事，“即请严治臣罪”；反之，如果皇上听信蔡寿祺之言而不对他严加惩治的话，那么就让我刘蓉解甲归田算了。
本来，刘蓉在奏折中申述的理由是符合事实的；但因措辞激烈，愤激之气显露于字里行间，尤其是最后提出解甲归田的要求，使清廷感到不舒服。所以，在刘蓉的奏折递上之后，清廷立即颁旨对他加以批评：“朝廷听言，必期详审。刘蓉既被指参，岂能不加讯问？转致大臣名节，无由共白。今刘蓉折内有请归田等语，词气失平，殊属非是。黜陟进退，朝廷自有权衡，非臣下所能自便。刘蓉所请，著毋庸议。”
对于刘蓉被参一事，曾国藩表示出深深的同情。他了解刘蓉的人品和学识，知道他绝对不是蔡寿祺所毁谤的那样一种小人。至于刘蓉想从此退出官场，曾国藩则有自己的看法。他在《复刘蓉》一信中指出：“功成身退，足见介石之贞。”然而，皇上对你的期望正大，百姓对你的希望正切，恐怕不能被得到批准。你今年尚只50来岁，据说头发、胡须都变白了，可见操心太多，希望注意节劳。当他得知朝廷正派瑞常等人查办此案后，忧虑之情油然而生。他在给曾国荃、曾国潢的家书中无限感慨地说：“闻钦差到山西，实系至陕查办霞仙之事。一波未平，一波复起，宦海真可畏耳。”
曾国藩的担心还真不是多余的。不久，御史陈廷经奏参刘蓉放言高论、狂妄自大，请旨对其严加惩治，以为大臣轻视朝廷者戒。从而，清廷在命骆秉章据实奏复刘蓉所参蔡寿祺在川招摇筹款的同时，给予刘蓉以降调的处分。对此，曾国藩不仅大骂陈廷经“颠倒黑白，令人愤悒”；同时，对清廷给予刘蓉的处分表示出不满情绪。
值得庆幸的是，瑞常经过实地调查，对刘蓉给予了公正的评价，加之陕甘总督杨岳斌又代陕民奏留刘蓉，清廷复下谕旨恢复刘蓉陕西巡抚之职。刘蓉本人对此结局尽管稍感欣慰，但对官场已是心灰意冷。
清廷之所以出尔反尔，在很短时间内将刘蓉降调，又开复原职，其中一个很重要的原因在于陕甘回民起义军势力强盛，湘淮军主力正投入镇压捻军的战场，所以不得不用刘蓉为清廷效命。而刘蓉经过这次参案的刺激，一心只想开缺回籍做他的学问去。
尽管刘蓉与陕甘总督杨岳斌全力筹划、部署，终究应付不了秩序已乱的局势，清廷于是命左宗棠为陕甘总督，将乔松年调任陕西巡抚，但仍命刘蓉留陕督办军务。对此，曾国藩不仅不感到惋惜，反而认为这对刘蓉来说是件大好事，在家书中指出“殊为可羡”。
刘蓉本人从内心也感到无比欣慰，但督办军务的担子并不轻松。为了尽快稳定陕甘局势，刘蓉奏调曾国藩手下大将赵春霆部赴陕支援。
曾国藩多次向刘蓉说明赵春霆部湘军无法进兵陕西。此时，刘蓉已受到革职回籍的处分。这是因为，陕西境内回民起义军主力虽转入甘肃省境活动，但张宗禹部西捻军由河南进入陕西。新任陕西巡抚乔松年虽于1866年11月正式到达西安，但刘蓉与他未能取得密切合作，两人在许多问题上产生意见分歧，相互纠缠，弄得朝野皆知。这就为西捻军的长驱入陕提供了条件。刘蓉先是率军死守华阳，受挫之后于12月间为阻止西捻军进逼西安，率军设防西安门户灞桥，同时向
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