，且耕且守。薛福成已敏锐地看到，清政府在镇压太平天国的十几年中所募集的数十百万勇丁，一旦离开战场，将是一个很沉重的包袱，也是一个不安定的因素，若不妥为安置，后果将颇为严重。为此，他提出一个兴屯政的“善全之策”。
他还痛斥吏治腐败的现状，提出“整饬吏治”，严禁捐官的恶习。当然，书生之见，未必奏效。清朝吏治腐败是体制的问题，不是小修小补所能解决的。
他还提出“加强海防”。看到西方列强的“火器猛利”和“轮船飞机”，并主张将这些长处“夺”来为己所用。这对那些视西方先进科学为“奇技淫巧”而将其拒之门外的顽固官僚，无疑是猛烈的呵斥。他还提出了派遣留学生的主张，在这当时也是先进的看法。
同治十一年（1872年）春，曾国藩、李鸿章根据发展洋务建设的需要，奏请朝廷委派刑部主事陈兰彬率领数十名幼童，赴美国“究习西学”。陈兰彬也曾是曾国藩幕府的宾僚之一，薛福成与之过从甚密，将其视为“硕德”一类的师辈人物。如今他史无前例地率领中国第一批留学生远涉重洋，薛福成为此很高兴，特作《赠陈主事序》一文，以表惜别赠言。这是薛福成萌发变法思想、呼吁向西方学习的早期代表作。
1867年，鸦片的泛滥引起朝野的争论，但意见颇为分歧。有的主张“不必禁”，有的虽主张禁鸦片，但具体方法却不尽相同。比如左宗棠、阎敬铭等大吏提出禁止在中国本土种植罂粟的建议。薛福成对上述意见都不以为然。
他在《答友人论禁洋烟书》中，首先对这位友人主张鸦片“既成风俗，亦自不必禁”的观点表示十分惊讶，他明确指出：“五十年来，洋人布此鸩毒于中国，杀人之身，复杀人之心，其害过于洪水猛兽远甚”；“不知此事不禁，则养痈蓄蠹，生事之端，将有不胜言者”。在痛切控诉鸦片祸害无穷的同时，薛福成进而指出鸦片之所以在中国如水之源源东向而无穷期，“此其故由于上不之禁。上不之禁，则民不以为诟病，而转视为适俗怡情之具。不及百年，势将胥天下而人之矣”。将导致鸦片泛滥的祸根直指“上”，即上层统治集团，并提出长此以往将导致“胥天下”的结局，充分显现出薛福成的胆与识。
那么，如何禁绝鸦片呢？薛福成认为，“不必先与洋人校，而当自中国始”。就是说，首先从自己国内抓起，当务之急，“在上者，宜饬州县严禁民不得种罂粟”；“而治其源者，尤在绝人之嗜。嗜之无人，彼之烟自无所售，而种者益寡，即来者亦寡矣”。为此，他提出首先在“荣富之区与秀良之士”中采取严厉措施禁止吸食鸦片。应该承认，薛福成对鸦片泛滥的危害及其根源乃至禁烟措施的认识，比之数年之前，有了更深一层的认识，其见识也比当时一般人认识高出了一筹。
1869年，目睹全国各地教案不断发生，而地方官吏对此束手无策，往往袒教抑民的现象，薛福成草拟了一份《上李伯相论西人传教书》，呈递给对自己颇为赏识且正在负责处理洋务事务的李鸿章。在文中，薛福成陈述了自己对这一社会问题的看法。
他在上书中提出，在西方列强的武力要挟下，朝廷所以允许西人传教，乃是“与时变通，以释近患，非得已也，势也”；而十几年来，面对层出不穷的教案，朝廷所以“含诟捐忿，弥缝瑕衅，非得已也，亦势也”。他认为，教案的发生，关键在于外国教堂招诱愚民入教，致使许多“变天性、背人伦”的不逞之徒将教堂“倚为藏身之窟”，百般欺压平民百姓，而外国教士又“惟其徒是庇”；善良百姓“受教民之虐而无所诉”，“恃气积愤，强与之抗”，从而酿成了“仇杀教民兼及教士”的教案。
他清醒地认识到，教案的层出不穷，对中国并非全是坏事，“犹中国之幸也”，因为它证明中国平民百姓“未尽变于夷也”。他担心的是数十年后，这一局面不加改变，“彼洋人敛中国之财，啖中国之民，即率中国之民，启中国之变”，若真如此，即使圣人也无可奈何。那么，怎样抗拒洋人传教，保护中华传统呢？薛福成勇敢地提出了积极备战，与列强抗衡的主张：“今内寇将略平矣，诚令豫讲战守，广储人才，察诸国之可与者，厚约结之，以携其交而披其党。一旦有事，则闭关绝市，扼其牟利之源，然后确持定谋，据险逆击，未睹洋人之必得志也。”这些见解，充分反映了薛福成在教案问题上改变了原先不敢触动中外约章的保守观点，大胆提出了更改不平等条约，甚至不惜发动民族自卫战争以维护中国民族主权的主张。
它说明19世纪60年代末，当威胁大清王朝生存的主要危险由“内忧”变为“外患”后，薛福成已将注意力集中到如何抵御外侮这一时代的主导面上来，并将其视为后半生所竭力解决的问题。