1830年8月，新疆又发生了叛乱。这次战乱是由张格尔的余党博巴克等发动的，帮办大臣塔斯哈战死。清政府为了防止事态扩大，迅速派杨芳、杨遇春、长龄前往协剿。魏源这时正在北京等待考试，听说西北发生战乱，于是自愿前往。当他风尘仆仆、不远万里到达甘肃时，清朝的各路大军已先后抵达新疆，已不要增援，他只好在甘肃待命。1830年10月，博巴克败走。魏源这次从军，原想西出阳关，效命西域，但只是半途而废。对此，他深以为憾，他作诗说：“我生第一伤心事，未作天山万里行。”他在西北虽没有参加激烈的战斗，却体验到了军中生活的艰苦。对这段见闻，他作了些诗，有的分析、记叙了边疆地区发生战乱的原因，以及北部地区的军营生活，有的则强调西北边防的重要，不一而足。这些诗都表达了他对国家领土完整，不得以尺寸之地让人的急切心情，洋溢着一个中年知识分子对祖国的热爱感情。1831年春，魏源在甘肃得知父亲病重，遂请假去江苏宝山探亲。这年七月，魏邦鲁去世，魏源便在江苏定居下来。魏源第一次从军没有参加战斗，但已体验到军中生活。1840年，中英爆发了鸦片战争，魏源出于爱国主义激情，毅然参加了浙江沿海的抗英斗争。在这次战争中，他目睹了外国侵略军的凶恶狡猾，也看到了清政府的腐败无能。他空有一腔爱国之情，却难以实现保卫疆土的壮志。
自从嘉庆末年以来，鸦片的输入不断增加，国内白银大量外流，人民生活日见困苦，并引发了许多社会问题，爱国知识分子对此已有觉察，纷纷呼吁早日禁烟。魏源说：“鸦片耗中国之精华，岁千亿计，此漏不塞，虽万物为金，阴阳为炭，不能供尾闾之壑。”他指出长此以往，中国将更为贫弱。其他一些有远见的朝臣也请奏禁烟。据他们粗略估计，从1833-1838年，清政府总共流失白银4亿余两，这样惊人的数字震惊朝野。当时的湖广总督林则徐见此也极力要求禁烟，他请奏说：“游毒于天下，则为害甚巨，法当为严。若犹泄泄视之，是使数十年后，中原几无可以御敌之兵，且无可以志饷之银。”其实，这并非危言耸听。道光帝看到这些奏章后，开始感到鸦片泛滥的危害，于1838年11月任林则徐为钦差大臣前往广东查办鸦片事件。
林则徐是清代杰出的爱国知识分子之一，他才识过人、政绩卓著，是清代维新运动的先驱。魏源等人听到这样一个有才干的人前往广东禁烟，都为之雀跃。他们劝勉林则徐要坚持禁绝鸦片，绝不要被黠猾游说之人所蛊惑，一定要使禁烟成功。林则徐到广东以后，力行禁烟，因此得到广大文武官员和百姓的支持。他强迫英国领事义律交出鸦片，驱逐经营鸦片的外国商人，查办吸食鸦片的中国犯人。到1839年，他已收缴鸦片118万余千克，并将之焚毁，受到中外人士的颂赞。
1839年9月，英国开始向中国增派军队，妄图以武力阻挠中国的禁烟运动。但他们在广东受到林则徐的坚决抵抗，在福建又受到邓廷桢的反击，沿海地区的人民也展开了英勇的反侵略活动。英军不能取胜，便一路北上，试图用武力、战争、谈判等各种手段胁迫清政府投降，以维持其鸦片贸易。
1840年，林则徐受投降派代表人物琦善的诬陷，受到革职处分。道光帝后任琦善为两
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