农民起义又有了进一步的认识。在《圣武记》中，他对镇压农民起义的武功，采取的是歌颂的态度。书中虽将农民起义者仍称“贼匪”，但他在研究白莲教起义的原因中用了“官逼民反”一词，可见他对农民起义者有了一丝怜悯。
鸦片战争以后，由于银价上涨，农民负担日益加重，人民生活日益困苦。在曾国藩的奏章中，有许多地方虽有心为官吏开脱，但吏役四出、血肉横飞的惨状，仍是历历在目。魏源因此说：“银价岁高费增丰，民除抗租抗赋无饱炎。”这里，他在为农民抗租、抗赋、抗清的斗争寻找理论根据。
就在魏源步入社会不久，1842年，爆发了钟人杰起义、欧阳大鹏领导的农民起义。此时，在浙江、江苏等地也多次发生闹漕事件。对这一系列官逼民反事件，魏源经过冷静的思考后认为，它既是官府的残酷剥削，也是钱漕制度的不合理造成的。他在为崇阳县知县师长治撰写的《墓志铭》中论述了这件事。他首先肯定了闹漕斗争的群众是因“帮费日重，银价日昂，本色折色日浮以困”所造成的，其次，他肯定了农民并没有枉杀无辜；最后，他在祭文中论述了发生闹漕事件的原因，重申了改革弊政的观点。他认为人民除了抗租抗赋以外，没有别的办法吃饱，这就是农民起义或抗漕的原因，也是军队不该镇压起义的原因。在这种思想的支配下，他对太平天国起义有了新的认识。
太平天国运动是魏源看到的最大的一次农民起义。魏源当时正在素有“东南咽喉”之称的高邮任知州。他本该随时将太平军的情况报告给清政府，以便政府调军镇压。而他不但没有这样做，还多次将急递退回，使南北音信隔绝。他也没有像他的许多友人一样投身清朝军队，或组织地方武装与太平军对抗。凭借他过去对兵法的研究和两次从军的经验，他应该马上行动起来，投身到镇压太平军的行列中。而且这时的清军统领曾国藩等人还是他的同乡、友人，只要他到军营去，他绝对会是军队统领的左右手或高级官员。但是，他并没有这样做，即使是过去的好朋友的信函也不能使他动摇，可见当时他的态度是十分明朗的。他更没有像他的一些友人，如汤贻汾等人因太平军攻下自己所在城市而自杀，以示抗议。
相反，他在自己的诗作中表达了对农民起义的同情心。后来，英国趁机占领江海关，并迫使清政府与英、法、美三国签订了《江海关协定》，从而使海关成为外国侵略中国的工具。其实，魏源不仅有同情农民起义军的思想，他还有同情农民起义军的行动。他在高邮任知州时，并不为清政府传递情报，以致南北信息不通。原任南河总督杨以增上奏弹劾他，说他“玩视军务”，咸丰帝便下谕免去他的职务。接到圣旨后，他便回兴化去了。咸丰帝的这封“实属玩视军务”的圣谕惩罚令，现在看来恰似一张奖状。
清初，经学家顾炎武以“经学即理学”为号召，重视民生利病，提出“政用”、“救世”思想，开始了清代的朴实学风。魏源在经过了对宋学、汉学的研究后，对它们有了较为深刻的认识。
魏源早年热衷于宋代理学，特别是朱熹学派的钻研，甚至在行动上都试图按照理学家的说教去做。到北京以后，他的眼界得以开阔，接受了各派学者的熏陶和影响，又从事汉学研究，故他同一般儒生不一样：接受过理学教育，却不为理学所局限；受汉学家影响，又不拘泥于汉学门户之见。他对清代汉、宋两派学者之事不以为然，他还指出两派的缺点：“饾饤为汉、空腐为宋。”并针对当时社会的陋习提出了“通经致用”的思想，要求人们不能只是空谈性理，或只注重琐细事物，而应关心民生疾苦，探求民富国强的政策，振兴中国，救民于水火之中。对两派的分歧，他要求用两派共同的宗师孔子和孟子来解决分歧，用儒家经典来解决所遇到的问题。他甚至举出许多古代用经书于政治的先例，如用《礼》《乐》来教育人民，用《春秋》的原则判断是非，用《诗经》作对时事提出批评的谏书和用以对答的资料等，从而达到以经术为治术，达到通经致用的目的。虽然他的这种解释有些牵强，但在当时是有积极意义的。
这次到北京，魏源还结交了一些关心时务的朋友，诸如姚莹、张际亮、龚自珍等，他们都是些爱国爱民的人士。他们经常在一起评论朝政。因为在这时，清朝的康乾盛世已基本结束，社会开始出现衰败的迹象。一方面上层官吏贪污腐朽的风气已经弥漫全国，另一方面，人民生活水平日益下降，普遍产生不满情绪，开始起义。一些有远见卓识的爱国知识分子们便常聚在一起，探求改革的道路，以振兴民族并抗击外来侵略。