一年，兴化的水稻由于魏源和河官的力争，并率民奋力抢护而喜获丰收，因此得到了“魏公稻”的誉称。后来他也作诗表达了他做县官时的心情，其中有一首是这样的：
何事终年最系情，晴多望雨雨断睛。
湖云以堰当楼黑，春水浮天上树明。
谁道登临宜作赋，难忘忧乐是专城。
农桑未暇还诗礼，空对前贤百感生。
这里，他表达了要和古圣先贤一样“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”的思想，要以古圣先贤为自己行为的楷模。
这一次兴化的洪灾虽被制服，但这里的水患并未彻底解除。魏源于是沿河访问探查，终于找到旧基，并上书两江总督，请求治河。在两江总督陆建瀛的支持下，运河西堤得以修复，东堤也得到加固，从而彻底免除长期以来的人为水灾。兴化人民为了感谢他，于是打算在兴化为其修建长生祠，但遭到他的拒绝。直到他死后，人民才把他附祀于范仲淹的祠堂里。
在兴化，魏源除了治河患外，还在地方修建学馆，扩大书院，修育婴堂，纂修县志，开放尊经阁，为知识分子提供聚会的场所。因此，在他离任时，兴化的乡绅和百姓争着为其送行。他在一首诗中描绘了当时人们为其送行的情景，诗是这样的：
倾城竞赠送行文，不饯朝阳饯夕曛。
空海见闻惟白浪，下河忧乐在黄云。
去年争坝如争命，此日调夫如调军。
不是皇仁兼宪德，那看台笠遍菑耘。
1851年，魏源因政绩卓著，被委派到高邮州做知州。这时，他已58岁，而且身体也大不如前了，特别是兴化抗洪过于劳累而致身体十分虚弱。到高邮后，他继续修治运河堤岸，他甚至还帮邻县完成了河工，并受到友人的称赞。在咸丰年间，像他这样实心任事的地方官已经很少了。另外，他还修建了高邮湖中的湖心岛，在岛上种植榆柳树木，又疏浚了许多港口，以便船只遇难时能就近躲入港内。
除了修治河道外，在高邮期间，他还对前任留下的积压案件加以整顿。1853年，他将高邮文游台扩建为文台书院，购置图书，以培养人才，又设义地、义学等，做了许多有益于地方文教事业的实事。恰在这时，发生了太平天国起义，他为了维持地方治安，采取了一些应急措施。但不久他便采取观望态度，并不为政府传递军情。所以在不久以后，他被革去高邮知州的职务。他于是回到兴化的一个小庙中，过起了隐居生活。
中国历史上发生过无数次农民起义，从秦朝的陈胜、吴广起义到清末的太平天国运动，仅大的起义就有几百次，它们大都为农民的反抗运动和革命战争。一般的知识分子将视农民起义的为盗匪，并对农民起义大加污蔑，而魏源对农民起义的看法和态度有一个发展的过程。
魏源从小受的是儒家传统教育，读的是“四书五经”，写的是八股文，思想上循规蹈矩，不敢越雷池一步。但当他步入社会后，开始对社会上的种种现象加以分析研究，对于统治者开始有了更为客观的看法。他说：“天地之性人为贵，天子者，众从所积而成……故天子自视为众人中之一人，斯视天下为天下之天下。”这里，他指出皇帝也只不过是众人中的一员，他并不是什么神圣不可侵犯的；反之，农民也不是天生的贼匪。后来，他对
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