马关警方很快抓获凶手。经审讯，此人名叫小山六之助，二十一岁，是日本右翼团体“神刀馆”成员。他不愿中日停战，更不愿中日议和，一心想将战争进行下去，决定借刺杀李鸿章之机，挑起中日之间矛盾，将战争进行到底。而日本政府本来方略，是借战争逼迫清政府签订不平等条约，然后见好就收。日本首相伊藤博文最担心西洋各国从中干涉，坐收渔翁之利。小山六之助之行为恰恰无异于授人以柄。伊藤博文闻讯后，气急败坏，怒曰：“这一事件之发生，比战场上一两个师团之溃败还要严重！”
李鸿章遇刺，电达上听，清廷大惊，担心日酋再起祸端，危及京师，除来电抚慰外，还指示李，应趁“彼正理曲之时，据礼与争，或不至终秘不与。”
次日，伊藤博文亲赴李之馆驿，告之日本天皇已下令停战，并促速定合约。李鸿章听了暗喜，谈判伊始，日酋挟战胜余威，恃强凌弱，所求甚多。李费尽口舌，终不如愿，如今竟因自己遇刺而峰回路转。遂草拟《中日马关条约》上奏。
光绪帝阅奏，以为割地太多，丧权辱国，乘舆亲至颐和园肯求慈禧太后拒绝签字用宝，并提出迁都练兵，与日周旋，遭拒。次日，军机大臣孙毓汶与奕訢一起奉太后懿旨，逼迫光绪帝签字，帝顿足流涕，绕殿时许，乃在《马关条约》上签约用宝，遂以约成。四月，康有为联合在京参加会试举子，公车上书，要求拒和、迁都、变法，以求人材而慎左右，通下情而图自强，以雪国耻，而保疆圉。光绪帝正为甲午丧师痛感不安，对康所陈，览而甚喜。遂下圣旨，令康变法。
英国占据香港后，继而窥伺西藏。光绪二十二年四月，沙俄诱订《中俄密约》，攫取中东路权，将侵略势力伸入东三省。五月，醇王福晋懵，光绪帝辍朝十余日，慈禧太后懿旨恩准以帝母规格殡之，光绪帝亲扶灵柩出殡。光绪二十三年十月，德国借助“曹州教案”，出兵强占胶州湾；法国继而登陆广州湾，视两广和云南为势力范围；美国无暇东顾，却趁机要求门户开放，利益均沾。整个国家已呈豆剖瓜分之势。
光绪二十四年五月，帝在总理衙门西花厅再次召见康有为。康连上六书，痛陈民族危亡，形势严峻，提出拒和、迁都、练兵、变法等主张。力主下诏定国是，强调中国变法“莫如取鉴日本之维新”。光绪帝颇以为然，决心变法。命康充总理各国事务衙门章京，选派宗室王公出洋游历，颁布“定国是诏”，开始戊戌变法。
西太后慈禧专权，把持朝政，礼部尚书怀塔布等唯西太后“懿旨”是尊，明目张胆阻挠新政，光绪帝连下圣旨，将怀塔布、许应骙、堃岫、徐会沣、溥颋、曾广汉等礼部六堂官革职，怀塔布老婆遂向太后哭诉。此举惹怒西太后，本来帝后不和，西太后逼迫皇上任命亲信大臣荣禄署理直隶总督，以掌军权。奕劻、李莲英趁机跪请太后“垂帘听政”。太后遂要求光绪帝停止变法。帝不听，继而又把阻挠新政之李鸿章逐出总理衙门。此举引起太后忌恨，暗派人去津与荣禄密谋，准备待津阅兵后将光绪帝废掉。
光绪帝获悉太后密谋，衣带诏于杨锐，并赐尚方宝剑，诏曰：“朕维时局艰难，非变法不足以救中国，非去守旧衰谬之大臣，而用通达英勇之士，不能变
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