毁的同时，碇真嗣也听到了蓝诺给他最后的留言“无论发生什么，你都要坚守本心，坚定的做好你自己去吧，做你认为正确的事情”
碇真嗣不知道什么才叫正确的事，但这一瞬间一股没来由的愤怒从他的心底涌出，以至于它的童孔都变成了红色，初号机的身上也冒出了危险的蒸汽，at力场被约束在了初号机的表面，那对童孔之中释放出了危险的红光。
嘶
金色的六边形套盒立场被撕开了一个缺口，碇真嗣驾驶着初号机硬生生的挤了进去，刚刚蓝诺的攻击还是造成了一定的伤害的，在量产机的手臂之上，有一条将他的手臂几乎切开的伤痕，只不过因为他的自愈能力太强了，现在已经几乎愈合。
初号机此时就抓着那只受伤的手臂，疯狂的过肩摔，竟然将对方摔倒了过去，如同野兽一般。一口咬在了那手臂之上双手双脚同时用力，竟然将那手臂鲜血淋漓的撕了下来。
初号机此时进入了一种类似暴走一般的状态，但却并不是碇真嗣的母亲主导的，而是他凭借自己的意志主导的。
不过初号机的这种疯狂也只持续了片刻，短暂的爆发和绝对的力量比起来还是有巨大的差距，强大的力场如同狂风一般扫过，将疯狂的初号机从量产机的身上扫飞了出去，撞碎了一栋又一栋大楼。
而这其中就有他拼尽全力保护着的幸存者营地，如今已经扩张到了近万人的营地，此时却已经一片狼藉，就算是躲进了地下掩体中的人，在这种冲击的面前也没有丝毫反抗能力，一个个全都化为了一摊肉泥。
碇真嗣面对这一幕已经彻底忘记了蓝诺提醒他的坚守本心，只想要疯狂的冲上去撕碎量产机。at力场增强到了一种前所未有的程度，整台机体的速度也已经夸张到了在常人眼中拖出残影的程度。
然而它的速度快，量产机更快，等他反应过来发生了什么的时候，胸口已经被一只白色的手掌贯穿，s2机关被取了出来，让量产机一口吞下，同时天地之间想起圣歌，洁白的光环出现在了量产机的头顶，在光环之上，是黑色与红色一圈圈交叠在一起的加夫之门，补完开始了，地球上的一切都会在这个过程中改变重塑。
但碇真嗣却并没有放弃，即便是失去了s2机关，他依旧能够继续活动，即便如今的初号机在量产机的面前看起来无比脆弱，他还是捡起了一块朗基努斯之枪的碎片，朝着量产机冲了过去，然后在一阵白光之中化为飞灰。
同一时间化为飞灰的还有整个地球，一切都在飞快的重组，活着的的人的灵魂开始像是时光倒流一般回到过去的状态，死亡的人的灵魂被抽取出来，同样回归到多年前的状态。
整个地球，甚至是整个太阳系，都被如同神明一般的力量笼罩。
不过最终发生改变的只有地球，一切都会回到第二次冲击发生的时候，也就是人类在南极发现了亚当的巨大躯体，并且尝试将人类的基因注入其中引发的那场灾难。
这也是剧本的开端，其实和第三次冲击相似。第二次冲击也是人类属于莉莉丝的智慧果实，和代表了生命果实的亚当碰撞，而产生的一场超级爆炸，爆炸席卷了整个生态圈，让整个南极都变成了一片血色海洋，后续各种灾难和人类自己的冲突，导致了第二次冲击后人类的人口锐减到了之前的一半。
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