因西方资本主义列强的屡屡挑衅，边疆危机日趋严重：日本“逼于东南”，俄国则“环于西北”，“外警之迭起环生，几乎每年都有”。时势迫使清廷不得不把视线投向对外关系。筹办海防、创建新式海军的问题也就逐渐被提到议事日程上来。
1874年，日本公然出兵侵犯台湾，并轻易向中国勒索到军费50万两。蕞尔岛国竟使“天朝上国”尊严扫地，清廷上下于是议论纷纷，要求加强海防建设。是年11月上旬，总理衙门向光绪和慈禧递上《海防亟宜切筹武备必求实际疏》，强调筹办海防的必要性和紧迫性，并提出“练兵”“简器”“造船”“筹饷”“用人”“持久”等诸项办法，请交滨江沿海各督抚、将军讨论。
19日，丁日昌将其在江苏巡抚任上先后拟定的《海洋水师章程》和《海防条议》加以上奏。清廷于是将总理衙门和丁日昌的条陈交沿江沿海各督抚大员以及“留心洋务”的陕甘总督左宗棠详细筹议，限在一个月之内复奏。在有关督抚的复奏中，虽然他们原则上承认“海防一事，为今日切不可缓之计”，但因思想认识水平的差异和各人所代表的利益不同，所以在具体主张上存在着较大的分歧。尤其是塞防论者左宗棠，批评丁日昌设立北、东、南三洋海军的建议不妥，即“洋防一水可通，有轮船则闻警可以迎敌。北、东、南三洋只须各驻轮船，经常查巡，自然有安稳无事之势。如果划分三洋，各专责成，则各自畛域攸分而贻误战机”。况且，三洋海军提督互不统属，与沿江沿海各督抚又不通信息，缺乏联络节制之情，所以很难收到实效。李鸿章在《筹议海防折》中，则充分支持丁日昌的主张。在肯定丁日昌提出的建立北、东、南三洋海军意见的同时，他又补充提出各洋海军都必须拥有大铁甲船两艘，做到一处有事，六只船舰相互联络，专为洋面游击之师，而以剩余的船舰依附其间，使其声势较为壮观。随后，李鸿章写信给丁日昌说：你给我的议复总理衙门六条大稿，披读再三，逐条都有切实办法，大意似与我的奏折相同，而在筹集饷精条陈内推及陆路电报、公司、银行、铁路，在用人条陈内推及农商受害，需停止实职捐输等事，则是我心中想说而未敢尽情吐露的。今天得到你的淋漓大笔写成的折稿，感到发挥尽极周照完备，虽然引起了一些人的咋舌惊异，但稍知洋务的人怎能不击节叹赏呢？
1875年初，总理衙门在综合各方面意见的基础上，根据当时的形势和各总督的专折上奏，提出了这样几方面的建议：第一，加强海防，筹建海军。考虑到财力有限，只可量力择要筹议，拟“先就北洋创设水师一军，等财力渐渐充足，就一化为三，择要分等”，并请“简派分段督办海防事务大臣两员，专理其事”。第二，请派左宗棠督办新疆军务，“饬令通盘筹划，力图进取，以固塞防”。第三，将开办海防以筹饷作为第一要事对待。拟请将粤海、潮州等关四成洋税以及江苏、浙江等省厘金，每年约400万两，分解两位督办海防事宜的大臣总收应用。这个专折得到了绝大多数王公大臣的赞同，光绪皇帝于是在是年5月30日发布上谕，正式任命李鸿章、沈葆桢二人分别督办北洋和南洋海防事宜，“所有分洋、分任练军、设局及招致海岛华人诸议，统归该大臣等择要筹议。其如何巡历各海口，随宜布置，以及提拨饷需、整顿各类税收之处，均归其细心经理”。
就这样，有识之士十来年奔走呼吁的海防建设，终于得到了清政府的重视。在这期间，除却曾国藩的开创之功，与李鸿章的鼎力争取，丁日昌在具体规划构建过程中作出的贡献也是不可磨灭的。