皇族畏惧，或许已经有了不小的势力。
于是同年八月，桓温升任安西将军、荆州刺史，持节都督荆司雍益梁宁六州诸军事，并领护南蛮校尉，掌握了长江上游的兵权。
之后平蜀，朝廷封赏平蜀之功，欲封桓温为豫章郡公，却被尚书左丞荀蕤劝止。最终，桓温被封为征西大将军、开府仪同三司、临贺郡公。
桓温的势力都已经在逐渐露头，司马昱都请外援来抑制其势力了，朝廷居然还要封他为豫章郡公，真不知道是怎么想的。
西晋初，因如何封建产生了多种意见，其中西晋时期官员、律法学家刘颂在论封建利弊时曰：
“国有任臣则安，有重臣则乱。树国本根不深，无干辅之固，则所谓任臣者，化而为重臣矣。”
什么意思？就是说，国家有能任用的大臣时，则是安稳的，但国家一旦出现手握大权的重臣时，则会陷入混乱。国家刚建立不久（这里指西晋），根基不深，又没有可担当重任之人来牢固其根基，这时，所谓的任臣就会转化为重臣。
吕思勉也指出，导致西晋“八王之乱”的原因，并非是采用了实封制，而是因为任命宗室诸王太重。
东晋在处理桓温的事情上，就是将任臣发展为了重臣。
朝中除桓温外，再无可任用之人，名誉、声望渐渐的都集中到了桓温身上，而桓温这个人本身就有野心，现在既然外在条件都在逐渐成熟，哪有不掌权的道理？
之后，桓温借殷浩北伐失利，对其进行弹劾，迫使朝廷将殷浩废为“庶人”，这些朝堂之上，彻底没了能制约桓温的人，从此，朝廷内外大权尽归桓温，朝中已无人再能阻止桓温北伐。
之后，桓温进行了三次北伐：
一伐前秦，这个之前讲过，这里就不累述了。
二伐姚襄。姚襄是之前提到的姚戈仲的儿子，也是建立后秦的姚苌的哥哥。
初随父亲归顺后赵，父亲死后归顺东晋。受到殷浩排挤，率部北归，桓温就是为这事而伐姚襄，并将其击破。
不但击破姚襄，还收复了洛阳，这样桓温的势力进一步做大。
朝廷畏惧，以交州、广州偏远为由，免去桓温的交广二州都督，改授其为都督并、司、冀三州诸军事，但桓温上表推辞，后又封桓温为扬州牧、录尚书事，召其入朝参政。桓温以中原尚未恢复为由推托，之后上表辞去录尚书事一职，只遥领扬州牧。
看，桓温也很聪明，拒绝所有可能被朝廷束缚的可能。
他攻下洛阳后，不久便闪人了，借用晋室资源得了名誉，哪还管晋室的地盘如何，收复的司隶、豫州、青州、兖州等地再次失陷。
准备再次北伐是，却因晋哀帝驾崩，而作罢。
三伐前燕。
郗超建议桓温尽率全军直击前燕国都邺城，或者坚守河道，控制漕运，储蓄粮食，直至明年夏天再继续进攻。他认为如不速战速决，当战事拖延至秋冬后，在水量减少而北方早降温的客观条件之下，会令晋军更难维持。
或许是桓温自负了，此时桓温的势力已经做大，觉得自己这么牛掰的人，不用听别人的建议，不管什么理由，桓温没有听。
最后果如郗超所言，战事拖到了入秋，而桓温他们，始终没有打开石门水道，导致晋军军粮耗尽，桓温撤兵。
但是前燕猛将慕容垂率八千骑军追赶，桓温大败。
兵败后，桓温将所有责任全推给了奉命去开通石门水道的袁真，朝廷不但不敢责备桓温，还送去了慰问酒。
而袁真当然不服，据寿春（今安徽寿县西南）叛变，并暗中勾结前秦、前燕。袁真病逝后，其子袁瑾被拥立，前燕、前秦也派来了援兵。
但，寿春还是被击破，桓温俘获袁瑾，将袁瑾、朱辅及其宗族数十人全部送往建康斩首。袁瑾妻女被赏赐将士，所侍养的数百乞活军则被活埋。
真是心疼袁氏父子，他们何错之有？桓温却如此残忍的对待他们父子以及家人、从属，真不明白历史中对桓温的好评，到底依据了什么。
从此，豫州彻底落入桓温之手。桓温掌握了进入建康的锁钥。
就是说，桓温夺取寿春后，将一把利剑摆在了晋室的卧榻之侧。
从寿春之战，也可以看出，对于自己有利的地方，桓温是不遗余力的要夺取。
桓温本想着发动北伐，希望先建立功勋，然后回朝接受九锡，进而夺取政权。但因第三次北伐失败，声望大减，图谋不成。
于是，便来硬的。
寿春之战后，桓温直接带兵入朝，威逼褚太后废除司马奕的帝位。他诬称司马奕因阳痿不能生育，让宠臣相龙、计好、朱炅宝等人与后宫美人私通，所生三子将冒充皇子建储为王。褚太后只得集百官于朝堂，下诏废司马奕为东海王。之后，桓温亲率百官至会稽王邸，迎司马昱入朝，拥立为帝，是为晋简文帝，改元咸安。