质与遗传信息系统，因此科学家大胆假设，提出“内共生”学说，认为它和叶绿体一样，都是与真核生物形成共生关系的原核生物，其中叶绿体可能来自蓝细菌（有名蓝藻），线粒体可能来自好氧细菌。
因为有着自己的dna遗传物质，叶绿体、线粒体的“繁殖”方式都较为特殊，没有细胞核有性繁殖特有的基因交换现象，因此基因变动缓慢且稳定，是细胞里的“活化石”。
根据线粒体基因测序的结果，全人类都有一位共同的女性祖先，她可能生活在20万年前的非洲。蜂游的策划受到这一理论的启发，先后制作了数款兼具创意与科学性的独特游戏，描绘古人类走出非洲的《迁徙之路》堪称正统派，而《线粒体战争》则属于反转黑化流。
正如周秦描述的那样，这款游戏在生物学的“内共生假说”基础上，进一步假设“线粒体是有意识有智慧有社群有文明的微型生物”，并就此展开推衍，对生物进化史解读成特殊微观世界的科技史，表面上看是进化产生物种，实际上却是线粒体国家科技提升造出了新的“镇国重器”。由于这些“大型战斗载具”彼此之间无法交流沟通，以之为家的线粒体族群因此产生分化，逐渐产生新的线粒体族群。隔阂由此产生，战争也因此而起。
这些“微小生物”控制着它们的载具造物大打出手，在地上的天空、海洋和陆地上进行着激烈的生存竞争，蘑菇线粒体一族一度取得领先优势，后来被昆虫线粒体变成了食物，昆虫又被更加复杂和强大的脊椎动物各种猎食……直到地球上出现第一个现代人类，这场生存竞争才逐渐分出胜负。
“所以人类就是这游戏里面的奇迹建筑，只要率先造出人类并发展到现代阶段，就能100%稳赢。当然，其他物种也不一定输，只要躲过小行星灭世，再把所有灵长类都吃掉，恐龙也能统治地球，”周秦满是兴奋地指点着。
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